過去に自分の端末で1回、他人の端末で1回、遭遇したことのある現象です。
iPhoneで、メッセージのところに未読マーク（赤い丸数字）が出ることがありますよね。
普通は、未読のメッセージをすべて読めば、自動的にこの未読マークは消えます。が、何かの拍子に、未読メッセージが存在しないのに未読マークが出続ける、という問題が発生することがあるようです。
この解決策をGoogle先生に聞くと、アプリの終了やらiOSの再起動やら、果ては端末のリセットまで実行した話が出てきます。
そんな大変なことをしなくても、私の場合はかんたんに直ったのですが。
手順は、以下のとおり。
1.「設定」を開く
2.「メッセージ」を開く
3.「iMessage」をオフにし、またオンにする
以上です。
皆さんの環境でもうまくいくことを祈っています。
お試しあれ(^^)